利用受精卵透明带的屏障作用，以及胎盘屏障作用，结合体外受精和胚胎移植技术，可以去除目的小鼠所感染的细菌、病毒、体内外寄生虫等，将小鼠微生物等级提升至SPF级及以上。
快速扩繁
利用体外受精+胚胎移植技术可快速得到大量后代子鼠，最少仅用2只雄鼠即可获得大量同一周龄的子代小鼠，从开始实验到小鼠出生，周期在24天左右。
辅助生殖
利用体外受精+胚胎移植技术手段，可以挽救因小鼠年龄较大、微生物感染、生殖器官畸形或发育异常、肥胖导致交配困难等因素引起的不孕不育品系。
冷冻保种（精子冷冻、胚胎冷冻）
小鼠的保种方法除了活体繁殖传代外，还可采用小鼠精子、胚胎冷冻技术保种,将小鼠的胚胎或精子预处理后装入麦管（或冻存管）中，保存在-196℃的液氮中。可以节省大量的笼位空间，活体饲养成本；避免微生物感染、基因漂变和污染，实现保种的长久化。
